La CCSS ha formulado su misión en los siguientes términos: Proporcionar los servicios de salud en forma integral al individuo, la familia y la comunidad, y otorgar la protección económica, social y de pensiones, conforme la legislación vigente, a la población costarricense, mediante:

• El respeto a las personas y a los principios filosóficos de la seguridad social: universalidad, solidaridad, unidad, igualdad, obligatoriedad, equidad y subsidiaridad.
• El fomento de los principios éticos, la mística, el compromiso desempeño de los funcionarios de la Institución.
• La orientación de los servicios a la satisfacción de los usuarios.
• La capacitación continua y la motivación de los funcionarios.
• La gestión innovadora, con apertura al cambio, para lograr mayor eficiencia y calidad en la prestación de los servicios.
• El aseguramiento de la sostenibilidad financiera, mediante un sistema efectivo de recaudación.
• La promoción de la investigación y el desarrollo de las ciencias de la salud y de la gestión administrativa.